Esimene õppeaasta oli 1874. Saarele tuli õpetaja Petrus Bergsten Stockholmi Evangeelse Misjoni Sihtasutusest (Evangeliska Fosterlandsstiftelsen). Kuid ta ei tulnud ainult lapsi õpetama, ta pidi Tallinna Rootsi-Mihkli koguduse pastor Mozelli ülesandel ka jutlusi pidama ja ristima.
Koolimaja oli alles ehitamisel ning õpetamiseks seda kasutada ei saanud. 1874. õppeaasta algas kooliks kohandatud kabelis. Kuid seal ei olnud kütet ning lapsed õppisid talvel ühe kaluripere elutoas. Kool kestis 4 aastat. Pärast koolimaja valmimist 1876 käis õppetöö kuni 1914. aastani Rootsist tulnud õpetajate käe all.
Pärast sundevakueerimist 1914. aastal asus suurem osa elanikke Tallinna ja selle ümbrusesse. Tallinnas elanud Naissaare lapsed läksid nüüd uude, venekeelsesse kooli. Kerge see ei olnud, kuna lapsed rääkisid rootsi keelt ning õppetöö käis vene keeles. Keeleprobleemi tõttu jättis osa lapsi kooli minemata. Kui Rootsi-Mihkli kiriku juures asuv algkool 1917. aasta sügisel õpeta Ester Nymani juhatusel tööd alustas, oli enamik umbes 30 õpilasest pärit varem Naissaarel elanud peredest.
Naissaare koolimaja oli peale sõda halvas seisus
Saarele tagasi pöördumisel 1918. aastal oli Naissaare koolimaja haletsusväärses olukorras ning esimesel õppeaastal toimus töö eri perekondade majades, õpetajateks naissaarlased. Kui 1922. aastal palgati õpetajaks Hobringist pärit Erik Thomson, käis õppetöö perekond Schmidti elutoas. Koolimaja taastati 1922. aastaks. 1930. aastal kehtestati kuueklassiline algkool. Sel aastakümne töötas eesti peredest pärit laste jaoks ka üks eestikeelne klass.
1940. aasta juulis sunniti naissaarlased taas saarelt lahkuma ning lapsed jäid hariduseta. Osa neist käis siin-seal eesti koolides. Kui sügisel 1941 tagasi mindi, puudus saarel kindel koolikorradus. 1942. aasta kevadel tuli Haapsalust vast suletud Rootsi Eragümnaasiumist koju tagasi Erik Schmidt. Külavanem Leander Rosen läks sepa tallu ja küsis 17-aastaselt Erikult, kas ta ei võiks sügisel õpetada. Erik mõtles asja üle järel e ning nõustus. Kooliruumid korraldati vallamajja, kuna Saksa okupatsioonivõimud kasutasid koolimaja koosolekute ja kino tarvis. Kuigi hulk õppematerjale puudus, töötas kool siiski. Õppetöö jätkus 1943. aasta sügisel. Kuid kui lapsed ühel oktoobrikuu päeval kooli tulid, oli Erik puudu. Nad ootasid ning läksid mõne pärast Sepa tallu asja uurima. Seal polnud kedagi ning uksel oli silt, mis teatas, et pererahvas sõitis mandrile kartuleid ostma. Hiljem selgus, et nad olid paadiga Rootsi põgenenud.
Seejärel lõpetas kool tegevuse. Enamik perekondi põgenes sügisel ja talvel kalapaatidega Rootsi. Viimased elanikud lahkusid saarelt 1944. aasta veebruaris.
See on kirja pandud Margit Rosen Norlini poolt ja tsiteeritud raamatust „Naissaare lood“ (2001). Raamatu on eesti keelde tõlkinud Ivar Rüütli. Raamatu saate osta siit, et autorile toetust avaldada.